С мускатным орехом готовят варенья, компоты, пудинги и сладости из теста — крендели, печенья, пироги и т.д. В западноевропейской кухне его применяют для ароматизации овощей - добавляют в салаты и пюре из картофеля, брюквы, репы, овощные супы, почти во все грибные блюда, в соусы для всех видов домашней птицы, в макароны, в нежные виды мяса и рыбные блюда (отварная и тушеная рыбы, заливное, рыбные супы).
Мускатный орех закладывают в блюдо перед окончанием тепловой обработки, а в тесто — при замесе.
В тертом виде мускатный орех быстро теряет аромат, поэтому лучше натирать его перед самым употреблением.